La detección de Variantes de preocupación (VOC, por sus siglas en inglés Variants of Concern) en muestras que ingresan al Laboratorio Nacional de Salud para detección de SARS-CoV-2 y para secuenciación del genoma del mismo virus.

La implementación del tamizaje para detección de VOC se realizó con reactivos donados por parte de la Organización Panamericana de la Salud/Organización Mundial de la Salud (OPS/OMS) para la detección de la deleción en la proteína no estructural 6 del genoma de los virus, mutación que comparten las variantes de preocupación  B.1.1.7 (Reino Unido), P1 (B.1.1.28) (Brasil/Japón), y B1.351(Sud Árfrica). Este tamizaje consiste en el uso de iniciadores y sondas que utilizan como diana esta mutación, para lo cual se utiliza la metodología de RT-PCR en tiempo real. Esta metodología indica la presencia o ausencia de las VOC; sin embargo, no diferencia entre las mismas. Por lo tanto, una vez detectada una VOC, se debe realizar la respectiva secuenciación para conocer a cuál VOC pertenece.

Se trabajaron con muestras de los meses de febrero marzo y abril que ingresaron al LNS para detección de SARS-CoV-2, de 16 departamentos (Quiché, Chimaltenango, Jalapa, Zacapa, Guatemala, Santa Rosa, Sacatepéquez, Chiquimula, El Progreso, Petén, Suchitepéquez, Retalhuleu, Baja Verapaz, San Marcos, Sololá y Quetzaltenango); y 346 muestras que recibió el LNS para la secuenciación, durante el mes de abril de 13 departamentos (Suchitepéquez, Alta Verapaz, Quiché, Huehuetenango, Baja Verapaz, Jalapa, Zacapa, Escuintla, Santa Rosa, Guatemala, Retalhuleu, San Marcos, Totonicapán), las cuales se confirmaron mediante RT-PCR en tiempo real para la detección del gen E de SARS-CoV-2.

Aquellas con confirmación positiva, se realizó el tamizaje de VOC. En total se ha tamizado 2,022 muestras, de las cuales se encontraron 62 VOC positivas, de las cuales 44 pertenecen al grupo de muestras ingresadas al LNS para el diagnóstico de SARS-CoV-2, y 18 pertenecen al grupo de muestras ingresadas para secuenciación. Éstas pertenecen a los departamentos de Guatemala, Retalhuleu, San Marcos, Jalapa, Jutiapa, Zacapa, El Progreso y Chimaltenango.

De estas muestras VOC positivas, se seleccionarán las muestras que cumplan con criterios de inclusión para secuenciación al Instituto Conmemorativo Gorgas de Estudios de la Salud (ICGES). Además se seleccionarán algunas muestras VOC negativas, que cumplan con los criterios de secuenciación del LNS y del instituto. De esta manera, se conocerá qué VOC está circulando en el país, además de otras variantes.