La aparición de mutaciones es un evento natural y esperado dentro del proceso de evolución de los virus. Desde la caracterización genómica inicial del SARS-CoV-2, este virus se ha dividido en diferentes grupos genéticos o clados. De hecho, algunas mutaciones específicas definen los grupos genéticos virales (también denominados linajes) que circulan actualmente a nivel global. Por diversos procesos de microevolución y presiones de selección, pueden aparecer algunas mutaciones adicionales, generando diferencias al interior de cada grupo genético (denominadas variantes).

La caracterización genética de patógenos virales es la base para el desarrollo de protocolos de diagnóstico, vacunas y medicamentos antivirales. Esta estrategia también es una herramienta útil en salud pública para el seguimiento a brotes y control de enfermedades mediante estudios de epidemiología molecular. Entre los virus respiratorios, la caracterización genética de los virus influenza es un ejemplo clásico de cómo la estrategia ha proporcionado información, entre otros, para la composición de la vacuna, el diagnóstico molecular, el monitoreo de resistencia a antivirales y la vigilancia de los virus circulantes y, por lo tanto, ha contribuido para la mitigación de la enfermedad. Asimismo, la secuenciación genómica del SARS-CoV-2 y la liberación oportuna de la información no solo permitió la caracterización del agente etiológico involucrado en el brote inicial, sino también el desarrollo oportuno de protocolos de diagnóstico y seguimiento a la evolución de la pandemia de COVID-19. Así, la secuenciación genómica se ha convertido en una herramienta esencial para generar datos virológicos de SARS-CoV-2, para impulsar la respuesta de laboratorio, y entender mejor los patrones de dispersión y evolución de SARS-CoV-2.

1. Aumento de la transmisibilidad o el daño causado por el cambio en la epidemiología de la COVID-19. 
2. Aumento de la virulencia o cambio en la presentación clínica de la enfermedad o 
3. Disminución de la eficacia de las medidas de distanciamiento social y de salud pública o de los diagnósticos, vacunas y terapéuticas disponibles. 

1. Cambios fenotípicos en comparación con un aislado de referencia o tiene un genoma con mutaciones que conducen a cambios de aminoácidos asociados con implicaciones fenotípicas establecidas o sospechadas; Y 
2. Se ha identificado que causa transmisión comunitaria/ múltiples casos / conglomerados de casos de COVID-19, o se ha detectado en varios países; o 
3. Es evaluada como una VOI por la OMS en consulta con el Grupo de trabajo de la OMS sobre la evolución del SARS-CoV-2.