Realiza ensayos fisicoquímicos y microbiológicos para verificar que los medicamentos y productos afines cumplan con las especificaciones de calidad, seguridad y eficacia establecidas en la normativa vigente. Como resultado de estos análisis, emite evaluaciones de conformidad e informes de ensayo que respaldan los procesos de registro e inscripción sanitaria.

Es el laboratorio oficial de referencia del país y lidera la Red Nacional de Laboratorios de Salud Pública. Realiza pruebas especializadas para el diagnóstico, confirmación, vigilancia epidemiológica y aseguramiento de la calidad de las enfermedades transmisibles de mayor impacto en Guatemala.  Asimismo, identifica y caracteriza los agentes causantes de estas enfermedades, fortalece las capacidades técnicas de la red de laboratorios y proporciona información científica que contribuye a la toma de decisiones para la prevención y el control de enfermedades en beneficio de la salud pública.